تطبق إدارة المختبر بوكالة الرئاسة العامة لشؤون المسجد النبوي يومياً الإجراءات الوقائية لحافظات المياه الموزعة في أرجاء المسجد النبوي، وذلك بأخذ 60 عينة يومياً بمعدّل 1800 عينة شهرياً من جميع مصادر مياه زمزم، للتأكد من سلامتها وخلوّها من الميكروبات والجراثيم التي قد تؤثر على الصحة العامة، ابتداءً من الخزانات الأرضية، مروراً بالناقلات ونقاط التعبئة ثم الحافظات والمشربيات.
وتشمل الفحوصات المخبرية سبيل زمزم في الساحة الجنوبية الغربية من المسجد النبوي على مدار 24 ساعة، حيث يتم تحليل المياه كيميائياً وميكروبيولوجياً باستخدام أعلى التقنيات الحديثة.
